К 359 г. до н. э. власть Пердикки настолько усилилась, что он смог заняться иллирийскими делами. Положение на западной границе к этому времени стало нетерпимым. Линкестидцы снова вышли из-под контроля центральной власти, и у Пердикки не было гарантий, что он однажды не будет свергнут в результате переворота, поддержанного иллирийцами. Он оставил Филиппа регентом при малолетнем сыне Аминте и, собрав большое войско, отправился на запад. Но через несколько дней гонец принес в Пеллу весть, что Пердикка потерпел поражение и сам погиб в битве с иллирийцами, а еще 4000 македонян навеки остались на поле боя. Филипп, наконец, достиг, фактически, полной власти. Частично умиротворив, частично подавив внутреннее сопротивление, Филипп зиму 359/358 г. до н. э. посвятил усиленной программе военного обучения. Ранней весной пришло известие о смерти пэонского царя. Пройдя с войском через северные перевалы, Филипп разгромил пэонов и заставил их признать македонское господство.

Нападение – лучший вид обороны. Филипп понимал, что у него сейчас есть шанс раз и навсегда покончить с иллирийской угрозой. Но это была труднейшая задача. Филипп отправился в поход с 600 всадниками и примерно 10 000 пехотинцев. Иллирийский царь Бардил встревожился и предложил мир, но на условиях сохранения статус-кво: он отказывался вернуть захваченные земли. Филипп отверг эти предложения. Два войска встретились на равнине у Охридского озера.

В этом случае Филипп впервые стал применять уроки тактики, полученные от Эпаминонда, как в дальнейшем их стал применять Александр. Существенных количественных различий между двумя войсками не было, все решали лучшая организованность и дисциплина. Иллирийцы, опасаясь окружения с флангов, построились в каре. Филипп сам повел в бой пехоту, построив ее так, что центр и левый фланг находились сзади, и развернув свое войско по косой линии (специфическая тактика Эпаминонда).

Как и предвидел Филипп, правый фланг иллирийцев растянулся, так как они стремились атаковать необычно построенное войско противника. Филипп дождался, пока на левом фланге число врагов сильно поредело, и повел в наступление находившуюся на правом фланге конницу, а затем – остальных воинов. Македоняне вклинились в неприятельское войско там, где ряды врагов поредели, и за конницей последовала фаланга.

Началась долгая, жестокая схватка. Наконец, сопротивление противника было сломлено. Македоняне уничтожили 7000 иллирийцев, с лихвой отплатив за поражение и гибель Пердикки.

Так была выработана тактика, которая в дальнейшем помогла Александру одержать победы в битвах при Гранике, Иссе и Гавгамелах.

В качестве победителя Филипп мог диктовать свои условия и воспользовался этой возможностью. Бардил нехотя, под тяжестью понесенного поражения, оставил все захваченные македонские земли, и иллирийская граница стала, наконец, безопасной.

После этой победы престиж Филиппа чрезвычайно возрос. На какое-то время он стал национальным героем, но на повестке дня оставался вопрос, как долго он будет довольствоваться положением регента.

Одной из уступок, которой Филипп добился от Бардила, была рука его дочери. Опирающиеся на древние традиции сообщества, такие как македонское, фракийское или иллирийское, в отличие от греческих полисов, основывались на племенной системе родства и взаимных обязательств. Сородичи с меньшей долей вероятности могли вступить в заговор против правителя, а дочь побежденного практически оказывалась заложницей высокого ранга.

Филипп, разумеется, не мог не использовать это дипломатическое оружие. За его сравнительно короткую жизнь у него было не менее пяти жен. И все же союз с иллирийской царевной Одатой лишь временно укрепил безопасность Филиппа за рубежом и мало что дал для стабильности внутри страны. Одата скончалась, видимо от родов, весной 357 г. до н. э., оставив Филиппу дочь Кинану, а не наследника, на которого он рассчитывал.