После Мирзы Ага-хана Кермани не осталось каких-либо произведений, однако, по словам Ферейдуна Адамията, им были написаны такие работы, как «Резван», «Аромат, сжигающий сад», «Письмо о слове, или Устав красноречия», «Древнее письмо», «Зерцало Искандера, или История Ирана», «История Ирана от принятия Ислама и до сельджуков», «Три письма», «Сто обращений об истории изменений в Иране», «История Каджаров и причина регресса и прогресса в Иране», «Об обязанностях нации», «Сотворение и законоустановление», «Семьдесят две общины», «Теоретическая мудрость», «Семь раев», «Шейхитское и бабидское вероучение», «Трактат о благоустройстве Хузистана», перевод «Телемаха», перевод письма Имама Али (мир ему!) своему наместнику Малику ал-Аштару и сборник статей. Из всех этих сочинений после его смерти были опубликованы лишь шесть книг.

Знакомство Ага-хана с такими новыми науками, как история, философия, социология, придавало ему особую широту взглядов и глубину воззрений. В Стамбуле он проштудировал некоторые труды мыслителей эпохи Просвещения, досконально изучил философские и научные взгляды XVIII–XIX вв., познакомившись с идеями исторического материализма, социализма, анархизма и нигилизма. Адамият считал, что он обладал всесторонними знаниями, ведь он изучил различные области науки, а в риторике он отказался от литературной традиции своего времени и примкнул к реалистическому направлению. Иначе говоря, он отверг подражание предыдущим поколениям и обратился к Вольтеру и Руссо. В области философии он порвал с метафизикой и стал тяготеть к материалистической философии и натурализму. Он устал рассуждать о субъективных и умозрительных категориях и утверждал, что следует за разумом. Он отказался от традиции простого историописания и занялся философией истории, размышляя о причинах прогресса и регресса народов земли. Во всех областях искусства, науки и техники в центре его рассуждений находился прогресс социума: «Искусство и литература должны служить обществу. Философия и логика должны проливать свет на истинную суть вещей и природных явлений и стать учителями народов. Религия должна оцениваться в соответствии с ее цивилизационными памятниками, чтобы она способствовала просвещению умов, а не становилась причиной слепоты и невежества. Короче говоря, наука должна находить применение на пути прогресса общества».

С точки зрения Мирзы Ага-хана Кермани, истоки отсталости иранцев восходят к тому времени, когда они отдалились от естественных принципов и законов, подчинившись деспотической власти и религиозному фанатизму.

Философские сочинения Ага-хана Кермани имеют большое значение. Адамият говорит по этому поводу: «Если кто-то и строил философское рассуждение на новых принципах, выводил философию за рамки умозрительных категорий в том смысле, как они понимались его предшественниками и учителями, и предлагал новые рассуждения, то это был Мирза Ага-хан. Этот умнейший человек понял, что философия неотделима от науки, а в основе современных философских взглядов лежат принципы научных исследований и опытов. Идеи, не основанные на науке, не являются философией, а в значительной мере представляют собой несвязные фантазии».

По сути, благодаря влиянию, испытанному им со стороны Бэкона и Декарта, он был сторонником эмпирического направления. В книге «Три письма» (Се мактуб) он подверг критике взгляды и убеждения таких иранских философов, как ал-Газали[33], Фахр ад-дин ар-Рази[34] и Ибн Сина: «Кто к ним обращается, остается голодным и блуждающим, не ведая ни о какой науке… Все становится ему неизвестным, и он не знает, что делать дальше».