Ось храма проходит от пилона через два двора и два гипостильных зала прямо к центральной молельне, посвященной богу Амону, который в тот период был верховным божеством всего Египта и подвластных ему стран. Все молельни, кроме одной, огорожены с запада каменными стенами, которые вытесаны таким образом, чтобы создавалось впечатление закрытой на засов деревянной двери с панельной обшивкой наверху и завернутыми вверх плетенками над дверью. Хотя молельня Амона и самая большая из святая святых и расположена на осевой линии, она не является самой важной. Фиванский бог как верховное божество занимает почетное место, но настоящим богом Абидоса был Осирис; и, хотя его молельня не лежит на оси храма, она единственная, через которую ведет проход. Дверь в конце не была загорожена для молящегося прочной и холодной каменной кладкой, как в молельне Амона, но всегда стояла открытой. В каждой молельне есть изображения ритуалов с участием фараона, который совершает ежедневные религиозные обряды. Там изображено, как он открывает дверь божницы, показывая находящуюся внутри фигуру бога; он совершает омовение бога, облекает его в божественные одеяния, надевает венец и драгоценности и окуривает его благовониями. Затем он делает приношения благовониями, едой и особенно цветами, ибо египтяне считали, что боги так же сильно любят цветы, как и они сами. Почти в каждом приношении, которое делает Сети, большую часть составляют цветы. От молельни к молельне ритуал слегка изменяется, ибо функции разных богов не всегда совпадали и к каждому следовало подходить со своими обрядами, в зависимости от того, к кому они обращены. Во всех молельнях есть изображение священной ладьи, в которой носили изваяние бога во время процессии вокруг храма в праздничные дни.

Молельня фараона частично разрушена, и краски на барельефах почти не осталось, поэтому лучше видны детали скульптуры. Так как фараон еще не покинул мир живых, его священная ладья пуста, но царская голова изображена на ее носу и на корме; однако самого царя как воплощенного бога уносят в паланкине шесть жрецов в масках, трое с соколиной головой и трое с шакальей, символизирующих духи Нехеба и Пе, первобытных божеств севера и юга. Перед царственным богом идет его сын, юный Рамсес, воскуряющий благовония своему божественному отцу. В этом храме изображено немало замечательных голов, но голова юного Рамсеса в этой сцене, быть может, самая прекрасная. Рамсес II в молодости был одним из красивейших мужчин, чьи портреты дошли до наших дней. Его профиль изящен и тонок, из-за крупного носа лицо не кажется безвольным; в поздние годы жизни, когда черты его лица стали тяжелее и потеряли четкость, в них по-прежнему оставалась красота, ибо проявлялось сознание собственной власти, не встречающееся на лице ни одного другого фараона.

В молельне Птаха крыша разрушена и скульптуры тоже лишились росписи. На священной ладье носовая фигура особой формы в виде двух соколов, стоящих на эмблеме Осириса. Флаг со стоящим сфинксом, который отличает эту ладью, также встречается в некоторых других молельнях и, возможно, является царской эмблемой. В середине ладьи стоит божница в виде первобытного храма; видимо, это украшенное деревянное сооружение, на него наброшена белая завеса, которая вздымается впереди и полностью закрывает находящееся внутри изображение бога. Такие же божницы изображены во всех священных ладьях. Ладья установлена на стойке, к которой прикреплены шесты, это свидетельствует о том, что ее могли нести носильщики.

По всей видимости, фараоны XIX династии весьма почитали бога Хорахте. Его имя означает «хор обоих горизонтов», и, скорее всего, он символизирует солнце, одновременно и восходящее и закатное, с присущей ему идеей двойственности. Священная ладья выражает эту идею, так как изображена в виде двух ладей в одной с двумя носами и двумя кормами. Как солнечное божество Хора сопровождает Шу, чье изваяние, поддерживающее небо, установлено на корме.