Мы точно знаем, что за свою службу Аристотель попросил Филиппа заново отстроить его родной город Стагиру, который был превращен в руины во время одного из недавних походов македонского царя на полуостров Халкидика. Известно, что в разгар своей великой завоевательной кампании Александр послал на родину неизвестные грекам растения и экзотических животных, чтобы его наставник мог их классифицировать. Однако Аристотель не слишком хорошо разобрался в природе этих видов: не случайно рододендрон по-гречески означает «розовое дерево».

В 336 г. до н. э. Филипп Македонский был убит, и на трон взошел двадцатилетний Александр. Быстро расправившись с другими потенциальными претендентами и проведя несколько предварительных молниеносных кампаний в Македонии, Албании, Болгарии, за Дунаем и в Греции (по дороге превратив Фивы в дымящиеся развалины), Александр отправился на завоевание известного мира. По сути, этот мир включал Северную Африку и Азию вплоть до нынешнего Ташкента и Северной Индии. К счастью, из аристотелевских уроков географии он не узнал о Китае, о котором на Западе в то время еще не слышали.

Тем временем Аристотель вернулся в Стагиру. Но до того как покинуть Пеллу, он рекомендовал Александру своего двоюродного брата Каллисфена в качестве придворного интеллектуала. Этот щедрый жест Аристотеля обернулся трагедией. Каллисфен был несколько болтлив, и Аристотель перед отъездом посоветовал ему не говорить при дворе лишнего. Когда Александр отправился завоевывать мир, он взял с собой Каллисфена как официального историка. Во время персидского похода Каллисфен так заболтался, что навлек на себя обвинение в измене. Александр посадил его в перевозную клетку. Трясясь в этой клетке рядом с войском в знойной пустыне, он покрылся язвами и насекомыми. Его вид настолько раздражал Александра, что он скормил Каллисфена льву. Но, как всякий честолюбец, пораженный мегаломанией, Александр заодно страдал паранойей: в измене Каллисфена он обвинил Аристотеля. По слухам, он едва не отдал приказ казнить Аристотеля, но передумал и отправился покорять Индию.

Проведя в Стагире пять лет, Аристотель вернулся в Афины. В 335 г. до н. э. умер Стевсипп, и пост главы Академии снова освободился. На сей раз он достался старому другу Аристотеля Ксенократу, который считался человеком весьма строгим и благородным несмотря на то, что удостоился золотого венка «за мастерство винопития на празднике кувшинов». (Через двадцать лет Ксенократ умрет на своем посту, заблудившись ночью и упав в воду.)

Аристотель был так задет новой неудачей, что решил открыть собственную школу. Он основал ее в большом гимнасии за городом, под горой Ликабет. Гимнасий находился у храма Аполлона Ликейского (Аполлона Волчьего), поэтому школа Аристотеля стала называться Ликеем. Это слово дожило до наших дней (в русском языке в форме «лицей»), хотя не всегда понятно, какое отношение великая аристотелевская школа имеет к какому-нибудь театру или третьесортной музыкальной группе. Конечно, в первоначальном Ликее Аристотеля изучали самые разные предметы, но до ХХ в. театрам не присваивали академического статуса.

Ликей куда больше напоминал современный университет, чем Академия. Ликей осуществлял исследования в разных научных областях, сообщая свои открытия студентам. Академия старалась дать своим ученикам знания скорее в сфере политики и законодательства, чтобы подготовить будущих правителей полиса. Ликей был чем-то вроде Технологического института (или даже Института перспективных исследований) своего времени, в то время как Академия больше напоминала Оксфорд или Сорбонну XIX в.