Соучастие Катерины в делах мужа озадачивает больше, чем что-либо другое. Вскоре после свадьбы она забеременела; возможно, в силу своего положения она стала более ревнивой, и ревность толкала ее на отчаянные шаги. Возможно, принимая участие в сомнительных играх Сеймура, она пыталась сохранить его любовь к себе. Может быть, она боялась, что у Елизаветы развилось нечто вроде девичьего влечения к отчиму. Как бы там ни было, забавы мужа вскоре надоели Катерине, и в мае 1548 г. Елизавету послали жить к сэру Энтони Денни и его жене Джоан в замок Чезент в графстве Хартфордшир. Денни был видным членом правительства при Эдуарде, а Джоан приходилась родной сестрой Кэт Эшли. Перед тем как Елизавета покинула дом мачехи, Катерина, которая тогда была на шестом месяце беременности, многозначительно предупредила падчерицу о том, сколь пагубными могут оказаться сплетни для ее доброго имени.[11] В Чезенте Елизавету держали в уединении; поползли слухи о том, что она ждет ребенка от Томаса Сеймура. Кэт Эшли сообщала, что принцессе всего лишь нездоровится, однако сплетни продолжались. По словам местной повитухи, как-то вечером ее увели из дома с завязанными глазами, чтобы помочь какой-то даме «в богатом доме». Она вошла в комнату, освещенную свечами, и увидела на постели «очень красивую молодую леди», у которой начались роды. Повитуха утверждала, что родившегося ребенка убили, ей же велели хранить все произошедшее в тайне. Она заподозрила, что молодая дама занимала очень высокое положение. Зная, что Елизавета живет совсем недалеко, в Чезенте, повитуха решила, что принимала роды у принцессы.[12]

5 сентября Катерина Парр родила дочь, которую назвали Мэри. Через неделю после родов мать умерла от родильной горячки.[13] Томас Сеймур быстро забыл жену и вспомнил о своих политических амбициях. Он снова вознамерился жениться на принцессе Елизавете. Кэт Эшли, ранее не одобрявшая поведения Сеймура, так как он был женат, стала пылкой сторонницей брака между Сеймуром и своей юной подопечной. Но когда лорд-протектор герцог Сомерсет узнал об изменнических намерениях родного брата, Сеймура арестовали и обвинили в заговоре с целью свержения правительства протектора и женитьбы на наследнице престола.[14] Через несколько дней Кэт Эшли и сэра Томаса Парри, государственного казначея, доставили в Тауэр, где их допросил сэр Роберт Тируит, служивший главным конюшим при дворе Катерины Парр. Тируит желал знать, что им известно о злоумышлениях Сеймура и его желании жениться на Елизавете. Когда принцессе рассказали о том, что близкие ей люди арестованы, она «невероятно смутилась и очень долго рыдала». Допросы продолжались; в то же время усилились слухи о том, что Елизавета беременна от своего отчима. В пылком письме к лорду-протектору Сомерсету от 28 января принцесса отрицала все обвинения и требовала, чтобы Тайный совет немедленно предпринял шаги по предотвращению распространения таких злостных слухов: «Мастер Тируит и другие сообщили мне о слухах, которые ходят за границей… Они подвергают сомнению и мою честь, и мою искренность… будто бы я в Тауэре и жду ребенка от лорд-адмирала». Подобные слухи Елизавета назвала «злонамеренной клеветой», которую Тайный совет должен публично осудить. Елизавета обратилась к лорду-протектору с петицией: она просит дозволения явиться ко двору, где она покончит с ложными обвинениями и докажет, что не ждет ребенка.[15]