Здесь совместно с частями 7-й танковой дивизии парашютисты СС предприняли попытку остановить советское наступление. После этого остатки батальона были выведены с фронта и направлены в город Цихенау в Восточную Пруссию. Позднее подразделение было переброшено в район города Дойч Ваграм в Австрии, затем соединилось с запасной ротой батальона. На базе этого людского состава был сформирован новый 600-й парашютно-десантный батальон СС.

15 октября 1944 года часть личного состава 600-го батальона вместе с Отто Скорцени участвовала в операции «Панцерфауст», в результате которой венгерский регент адмирал М. Хорти был смещен, а Венгрия осталась союзником рейха. После завершения операции личный состав был направлен в город Нойштрелиц, где продолжал курс обучения. Здесь батальон был пополнен чинами вермахта и ВМФ, и его общая численность достигла 1 тысячи военнослужащих. Часть личного состава батальона была использована Скорцени в костюмированной операции «Грейф», разработанной против наступающих американских войск. После Арденн батальон был использован на Одерском участке Восточного фронта, в районе Шведт-Цеден вел в течение трех недель боевые действия против наступающих частей Советской армии до 1 апреля 1945 года. В связи с большими потерями и изменившейся обстановкой остатки батальона были отведены с передовой в Северную Германию.

Огромные потери были возмещены включением в состав батальона добровольцев из учебных школ СС и выздоравливающих военнослужащих. Батальон был полностью восстановлен в своей прежней численности и был едва ли не единственной полнокровной частью, оборонявшей город Нойруппин. Здесь батальон был практически раздавлен советскими танками, и в живых от прежней тысячи добровольцев осталось всего 30 человек.

На последнем этапе войны батальон, следуя за своим шефом Скорцени, был подчинен его Истребительному соединению войск СС. Обстрелянный и опытный личный состав использовался в качестве инструкторов при обучении агентов-новичков и при выполнении особо ответственных и секретных заданий.

Помимо 500-го/600-го десантного батальона СС, в системе немецких сил специального назначения находился отряд боевых пловцов и подрывников.