Полемика вокруг идей Оригена, как мы видели, началась еще при его жизни. Уже Евсевий Кесарийский, лично знавший многих его учеников, пишет «Апологию», в которой стремится защитить александрийского богослова от обвинений в ереси. Во второй половине IV века против увлечения Оригеном выступают некоторые из западных (латинских) церковных иерархов. Их поддерживает св. Иероним, а Руфин Аквилейский оказывает «медвежью услугу» Оригену, исправив некоторые места его «О началах» под тем предлогом, что они якобы были искажены еретиками. Когда подлог был открыт, против наследия Оригена начинается настоящая война.

Вначале против богослова выступил Феофил, епископ Александрийский (первоначально сторонник Оригена). В 400 году он созвал в Александрии собор, на котором зачитывались «еретические» места из сочинений богослова, после чего было принято постановление, осуждающее всех, кто изучает и защищает Оригена. Более всего пострадали монахи пустыни в Нитрии, среди которых имя Оригена пользовалось авторитетом. Против пустыни была проведена настоящая полицейская операция, с использованием солдат; монахов изгнали из их обителей.

Поскольку представители пострадавших отшельников направились в Константинополь, искать защиты у Иоанна Златоуста, «досталось» и тому. Во время преследования Иоанна (одним из инициаторов которого был Феофил Александрийский) константинопольского патриаха обвиняли в «оригенизме» уже как в ереси.

Тем не менее учения Оригена о «Вечном Евангелии», предсуществовании души, всеобщем спасении продолжали сохранять популярность в среде византийских интеллектуалов и в ряде монашеских общин. В V–VI веках они особенно были распространены в Палестине. Более всего выделялись монастыри Св. Саввы и так называемая «Новая Лавра» близ Вифлеема. В первые годы правления императора Юстиниана (правил в 527–565 гг.) выходцы из этих монастырей оказались приближены ко двору, их образованность и тонкий ум поначалу были затребованы императором-реформатором. Однако в конце 30-х годов VI века его отношение к оригенистам меняется на прямо противоположное. Под влиянием ряда собственных советников, а также представителей римского папы он возбуждает преследования против сторонников Оригена. В монастырях происходят проверки. В 543 году Юстиниан издает указ, в котором осуждаются Ориген и все, кто следует его учениям. А в 553 году, во время Константинопольского собора (V Вселенский собор), имя Оригена было внесено вселенской, то есть всей Церковью, в список анафемствуемых еретиков: «Если кто не анафематствует Ария, Евномия, Македония, Аполлинария, Нестория, Евтихия и Оригена с их нечестивыми писаниями и всех других еретиков, осужденных и анафематствованных св. кафолической и апостольской церковью и вышеуказанными четырьмя св. соборами, и всех мудрствовавших и мудрствующих подобно вышеупомянутым еретикам и до кончины пребывавших в их нечестии, – таковой да будет анафема».

Но и после Соборного постановления отношение к Оригену оставалось двойственным. С одной стороны, никто не мог отрицать того факта, что для византийской философии и средневекового богословия он – одна из самых основополагающих фигур. С другой – еретические учения Оригена также не забывались, а потому погружение в изучение его наследия всегда было признаком опасного «эзотерического» интереса.