В XV-XVI веках инициированное Цзонхавой возрождение изменило духовный, социальный и физический облик Тибета. Строительство монастырей распространялось на все новые и новые области, по мере того как все большее число людей решались посвятить «драгоценную человеческую жизнь, наделенную свободой и возможностью & завершению своей эволюции и достижению просветления. Социальный климат становился все более и более мирным, в связи с тем, что для ополчений воинственных местных вождей оставалось все меньше людей. Один из младших учеников Цзонхавы, Гендун Друбпа, в течение всей своей долгой и деятельной жизни руководил новым орденом Гелуг, проповедуя, создавая книги и строя монастыри. После его смерти в соседней области объявился прекрасный мальчик, объявивший себя Гендуном Друбпой, как только научился говорить. После многих испытаний и волшебных узнаваний община признала его подлинным перевоплощением великого учителя. Его возвели на трон, дали образование, чтобы он также возглавил орден, как и лама Гендун Гьяцо. Его следующий воплощенец, обнаруженный после подобных же чудес, испытаний и демонстраций способностей, Сонам Гьяцо правил орденом в XVI веке, вплоть до своего исторического визита в 1573 году в Монголию, где получил почетный титул «Далай-лама» (Учитель-Океан) от монгольского правителя Алтан-хана. Считая двух его предшественников, Сонам Гьяцо стал известен как Третий Далай-лама.

При жизни Сонам Гьяцо и его преемника тибетские военные вожди почувствовали себя слишком ущемленными постоянным ростом власти монашества, требовавшим много времени и денег строительством монастырей и возрастающей популярностью духовного образования. На рубеже XVII века начался период смут, поставивший под угрозу судьбу страны. Что было бы, если б сохранившаяся воинственная аристократия свергла власть монастырской иерархии, подобно тому, как это произошло в ту же эпоху в северной Европе, Китае и Японии? Или оставила бы насилие, раз и навсегда сложила оружие и обратилась на путь духовной эволюции?

В 1642 году, почти ровно через тысячу лет после создания храма Чжоканг, Его Святейшество Пятый Далай-лама (1617-1682) был провозглашен правителем Тибета и основал Победное правительство дворца Ганден, которое тибетцы до сих пор считают своей законной властью. «Великий Пятый», как его называли, создал уникальную форму власти, хорошо приспособленную для особого тибетского общества. Оно было почти полностью демилитаризовано, признавало ведущую роль монастырской иерархии в жизни народа и отдавало приоритет ненасилию. Аристократия лишилась части своих привилегий, сохранив власть и доходы с части своих наследственных владений как плату за службу правительству Гандена. Она полностью лишилась своих частных ополчений, потеряв феодальную власть над жизнью и смертью своих крестьян, которые до тех пор сильно напоминали крепостных в средневековой Европе или России.