Как только энтузиазм по поводу революции поутих, иттихадисты столкнулись с серьезной оппозицией в политических кругах, а также со стороны влиятельных кругов гражданского общества. Поскольку государственной религией Османской империи был ислам, религиозный истеблишмент осудил попытки младотурок навязать стране светскую культуру. В армии существовал явный раскол между офицерами, которые окончили военные академии и придерживались либеральных реформистских взглядов, и простыми солдатами, верными своей присяге на верность султану. В парламенте члены либеральной фракции, подозревая «Единение и прогресс» в стремлении захватить власть, использовали свои связи с прессой и европейскими чиновниками – в частности, с британским посольством, – чтобы подорвать позиции иттихадистов в нижней палате. Из своего дворца Абдул-Хамид умело дергал за ниточки, преследуя цель убрать младотурок со сцены.

В ночь с 12 на 13 апреля 1909 года враги «Единения и прогресса» подняли контрреволюционный мятеж. Лояльные султану солдаты Первого армейского корпуса взбунтовались против своих офицеров и объединились с учащимися столичных медресе. Вместе они направились к парламенту, по пути привлекая к своему шумному маршу все новых фанатиков и мятежных солдат. Бунтовщики требовали назначения нового кабинета, отправки в ссылку некоторых лидеров партии «Единение и прогресс», а также восстановления исламского права (шариата) – хотя страна на протяжении многих десятилетий фактически жила под действием смешанного набора правовых кодексов. Депутаты-иттихадисты бежали из столицы, опасаясь за свои жизни. Кабинет подал в отставку. А султан, якобы уступая требованиям народа, вновь взял правление страной под свой единоличный контроль.

Однако триумф Абдул-Хамида длился недолго. Военные Третьей армии в Македонии восприняли контрреволюцию в Стамбуле как покушение на конституцию, с которой они связывали политическое будущее империи. Македонские младотурки и их сторонники организовали так называемую «Армию действия» под командованием майора Ахмеда Ниязи, героя Младотурецкой революции, и 17 апреля выдвинулись из Салоник в Стамбул. Рано утром 24 апреля «Армия действия» вошла в имперскую столицу, подавила восстание, фактически не встретив сопротивления, и ввела военное положение. Две палаты османского парламента были собраны на Генеральную национальную ассамблею и 27 апреля проголосовали за низложение султана Абдул-Хамида II. Его преемником стал его младший брат Мехмед V Решад. Вернувшись к власти, партия «Единение и прогресс» всего за две недели решительно подавила остатки контрреволюционного мятежа.

Контрреволюция вывела на поверхность глубокие противоречия в османском обществе, самым опасным из которых был турецко-армянский антагонизм. Сразу же после того, как «Армия действия» восстановила власть младотурок в Стамбуле, толпы мусульман устроили погромы и массовую резню армян в городе Адане на юго-востоке страны. Первые погромы армян начались еще в 1870-е годы, и на протяжении последующих нескольких десятилетий враждебность только набирала силу, вылившись во время Первой мировой войны в первый геноцид ХХ века.