В далекие геологические эпохи плодородной зеленой долины Нила еще не существовало. Задолго до появления человека природа начала создавать землю, пригодную для его обитания, которая в течение миллионов лет появлялась за счет двух значительных смещений земной коры. Можно представить, что давным-давно Северо-Восточная Африка представляла собой гигантское плато из известняка, орошаемое обильными дождями, воды которых стекали в самых разных направлениях. С течением времени плато медленно поднималось, а вода пробивала себе путь к морю. В итоге образовалось огромное ущелье, прорезающее известняковое плато с юга на север; оно стало руслом громадной реки, размывшей камень и сформировавшей долину Нила. Прошли тысячелетия, земля стала опускаться, и гигантское ущелье затопило море. 965 из 1100 километров, которые впоследствии стали территорией Египта (до Эсне), находились под водой. Море оставило характерные отложения: вплоть до Асьюта в Среднем Египте можно найти морские окаменелости. По прошествии некоторого времени природа опять изменила ландшафт, и земля поднялась вновь. В это время продолжали выпадать осадки, но их было не так много, как в олигоценовую или миоценовую эпоху. Нил, получивший новое русло и направлявший свои воды также на север, прорезал себе путь сквозь морские отложения, сформировавшиеся во время плиоцена.